Коренным населением района являются нивхи. На сегодняшний день их осталось крайне мало и Ногликский район — одно из мест их компактного проживания. До появления на острове русских коренное население не знало государственности и вели полукочевой образ жизни, занимаясь традиционным занятием — рыболовством.
По одной из версий, название «Ноглики» произошло от нивхского рода «ноглан», что означало «жители стойбища». Ноглики — русифицированный вариант. По другой версии, название произошло из-за реки, имеющей сильный неприятный запах, которую назвали «Ногл» (вонючая река). Интересно, что Ноглики как населенный пункт раньше входили в состав Охинского района.
История муниципалитета тесно связана с именем Ивана Тимошенко — первого уполномоченного по туземным делам. Сейчас его воспоминания о районе хранятся в Ногликском краеведческом музее и являются уникальными документами, таящими неизвестные факты из жизни этой суровой территории.
Тимошенко приехал на север Сахалина в 1928 году. Здесь он начал активно разъезжать по стойбищам, наведывался к жителям в чумы, провел перепись, повысил грамотность среди населения. По его инициативе началось строительство культурной базы — больницы, школы и интерната, красного уголка, бани, прачечной, мастерских, показательной молочной фермы и огорода, а также магазина. Стройку торговой точки завершили в 1929 году: невиданное до этих пор двухэтажное здание образовалось на берегу реки Тымь.
В 1930 году на месте стойбища нивхов возник поселок нефтяников — Ноглики. В том же году на первом туземном съезде сформировали Восточно-Сахалинский туземный район. В Ногликский его переименуют лишь в 1963 году.
Во время Второй мировой войны нефтяники оказали большую услугу фронту, производя и перерабатывая нефть. Вся армия Советского Союза нуждалась в топливе. Девиз нефтяников Сахалина в те годы гласил: «Больше нефти для наших танков, самолетов, кораблей!».
Транспорт на севере
История современного авиасообщения в Ногликах началась с 1993 года — именно в это время построили новый аэровокзал на 25 мест, а также преобразовали взлетно-посадочную полосу. Первыми самолетами были АН-24 и ИЛ-18. В 2002 году Ногликский аэропорт реконструировали — теперь новая ВПП протянулась на 1 850 метров и расширилась на 35 метров. Сейчас аэропорт официально зарегистрирован как российский гражданский аэропорт и принадлежит Сахалинской области.
В 1971 году на территории Ноглик приняли в эксплуатацию новую железнодорожную линию, которая протянулась по западному побережью острова. В 1972 году железнодорожники получили новые пассажирские вагоны. В январе 1978 года. принял первых пассажиров новый железнодорожный вокзал в Южно-Сахалинске, а в 1979-м открылось регулярное сообщение с севером. С этого же времени функционирует железнодорожная станция «Ноглики-2».
В 1999 году начала работать Ногликская газотурбинная электростанция. 65% акций компании принадлежит администрации Сахалинской области. Основное оборудование станции – четыре газотурбинных установки мощностью 48 МВт. Основная деятельность предприятия — производство, продажа и поставка электроэнергии, в том числе для ОАО «Сахалинэнерго».
В 2009 году в поселке были построены здания ЦРБ (центральной районной больницы). Сейчас Ноглики — второе по величине муниципальное образование островного региона, к которому относятся села Вал, Венское, Горячие Ключи, Даги, Катангли, Комрво, Морской Пильтун, Ныш и Ныш-2, Чайво, Эвай.