Первыми Южно-Курильск заселяли айны — до того, как началось освоение острова русскими и японцами. К концу XVIII века там находились поселения айнов, русских ссыльных и добровольцев, а также японские торговые посты и военные гарнизоны.
В 1855 году Кунашир уступили Японии. В селе Фурукамаппу, предшественнике Южно-Курильска, а также в соседних деревнях Окинокотан и Исоянбецу было пятьдесят домов, почтовое отделение с телеграфом и магазины.
В 1945 году остров вернулся в состав России, а в феврале 1946 года вошел в состав Южно-Сахалинской области. Тогда и был основан Южно-Курильск. После окончания войны на Кунашире началось активное строительство. К 1947 году остров заполонили переселенцы и сезонные рабочие со всего Советского Союза.
Впервые перестроить Южно-Курильск пришлось в 1953 году. Тогда произошли землетрясение и цунами, которые задели в основном малонаселенные острова Малой Курильской гряды. Однако все здания пришлось перенести на 30 метров выше.
Во второй раз Южно-Курильск отстраивали после землетрясения и цунами в 1994 году, и снова на другом месте.
Трагедия произошла ночью 5 октября 1994 года. Волны затопили тихоокеанское побережье Курил. Сильнее всего пострадал остров Шикотан, входящий в состав Южно-Курильского округа — там землетрясение ощущалось силой 8-9 баллов и погибли 11 человек. Высота волны там достигала 10 метров. На берег выбросило несколько малых рыболовных судов, а также большой корабль длиной 150 метров.
В Южно-Курильске волны были поменьше — 5-6 метров высотой. От землетрясения сильно пострадали дома, побилась техника и посуда, частично разрушились стены.
После этих событий Южно-Курильск, а также поселки Крабозаводское и Малокурильское отстроили. Однако на Шикотане землетрясение 1994 года спровоцировало серьезный отток населения: вместо 7,5 тысячи человек на острове осталось около 2,8 тысячи населения.
В 2021 году в Южно-Курильском районе проживают более 12 тысяч человек. Население в основном занимается рыболовством и обрабатывающим производством.