Окончательному утверждению флага предшествовала четырехмесячная подготовка. Идея о создании островного символа возникла в 1995 году. 18 июля губернатор региона Игорь Павлович Фархутдинов утвердил положение о конкурсе на разработку проектов флага и герба Сахалинской области. Это было необходимо для того, чтобы обозначить субъект Российской Федерации символами, которые бы характеризовали его исторические и природно-географические особенности.
В течение полутора месяцев власти островного региона принимали заявки от местных авторов и 7 сентября совместно с жюри конкурса решили провести второй тур. Спустя еще полтора месяца жюри предоставили все материалы заседаний по проведению конкурса губернатору. Бывший глава области вместе со своими коллегами выбрали итоговый проект флага. Его создателем стал нынешний депутат региональной Думы Виталий Гомилевский. На проведение конкурса в целом потратили 11 млн рублей.
Положение о флаге и гербе глава островного региона подписал лишь через месяц после этого, 28 ноября. В описании символа указали, что флаг Сахалинской области — субъекта Российской Федерации представляет собой прямоугольное полотнище цвета морской волны, в центральной его части — контурные изображения Сахалина и Курильских островов, которые образуют единую Сахалинскую область. Изображения островов располагаются в центре полотнища, образуя угол в 45 градусов.
Весной 1997 года Игорь Фархутдинов подписал Закон «О флаге Сахалинской области — субъекта Российской Федерации». Этот документ 16 апреля в том же году приняла региональная Дума. Летом 2011 года губернатор Сахалинской области Хорошавин вновь подписал Закон «О флаге Сахалинской области», так как он был признан утратившим силу. При этом изображение флага остается неизменным и по сей день.