Профессиональный путь Владимира Михайловича начался в 1966 году — тогда он окончил Калининградский технический институт рыбной промышленности и хозяйства по специальности «Ихтиолог — рыбовод». После этого специалист отправился на Сахалин, где его в качестве нового сотрудника ждали в СахНИРО.
Почти вся научная деятельность Чупахина связана с изучением горбуши на острове Итуруп. Там ученый фактически стал организатором мониторинговых исследований, в том числе подхода рыб к побережью, их биологических показателей, а также учета на нерестилищах. Помимо этого, на курильском острове в 1970-1980-х годах он исследовал экологию молоди лососей в ранний морской период жизни. Результаты проделанной работы и сейчас пользуются популярностью в научных кругах и среди практиков.
Владимир Михайлович принимал участие во внеплановых наблюдениях на других курильских островах, среди которых Парамушир, Шумшу, Кунашир и Уруп. Кроме того, он изучал миграцию лососей в океане. Результаты проделанной работы Чупахин отразил в 56 научных отчетах, а в научных изданиях он самостоятельно и в соавторстве опубликовал 36 статей и тезисов докладов.
Имя Владимира Михайловича будет прочно вписано в историю СахНИРО благодаря созданию унифицированной базы данных, которой поспособствовало качество собранных ученым материалов. В течение четырех лет, с 2003 по 2007 год, на основе этой базы вышли серьезные статьи по динамике стада горбуши. Ученый был награжден медалью «Ветеран труда», а в августе 2011 года — знаком «Почетный работник рыбного хозяйства России».
«За годы работы Владимир Михайлович проявил себя трудолюбивым и эрудированным специалистом, успешно справляющимся с возложенными на него обязанностями. В памяти он останется как жизнерадостный, неунывающий и всегда стремящийся в путь товарищ», — пишут о нем руководители и коллеги.