

Приказ об открытии музея издал военный губернатор Владимир Дмитриевич Мерказин. «Сахалинский музей имеет целью служить живою иллюстрациею всего, что до сей поры известно об острове, посредством собранных коллекций», — сказано в приказе № 226.Кроме того, в документе прописано, что музей должен способствовать изучению острова, быть «образовательным пособием для учащегося Сахалинского юношества». 6 декабря 1896 года считается официальной датой начала музейного дела. Однако есть мнение, что экспозиция была открыта ещё в 1895 году.
Её основой стали предметы, собранные под непосредственным кураторством политических заключённых Бориса Пилсудского и Льва Штернберга. Именно на Сахалинской каторге они начали изучать быт и традиции коренных народов и стали известными учёными-этнографами.
В 1896 году музей уже насчитывал около тысячи единиц хранения. Были сформированы главные отделы — этнографический, зоологический, сельскохозяйственный с отделами лесных и морских промыслов, горный и тюремно-технический. Для размещения экспозиции выделили одно из лучших зданий рядом с церковью в центре поста Александровского, в котором размещалась канцелярия губернатора. Перед зданием установили скелет кита. Его доставили в Александровск из Корсаковского поста. Мёртвого мормлека нашли в районе лагуны Буссе.
В небольших комнатах музея были установлены манекены, изображающие аборигенов, чучела животных и птиц. На полках разместили ёмкости, в которых были заспиртованы представители морской фауны. Богатая этнографическая коллекция включала предметы, собранные в нивхских стойбищах и селениях айнов.
Первым заведующим музея назначили доктора Ромуальда Погаевского. Все желающие могли посетить музей по праздникам с 11:00 до 13:00. В это время в музее были «лица, могущие давать различные объяснения».
Известный журналист Влас Дорошевич, приехавший на Сахалин в 1897 году, посетил учреждение и написал об этом так: «Сахалинский музей — маленькое, но очень интересное учреждение. Всё, что могла дать бедная история и этнография печального острова, вы найдёте здесь в нескольких маленьких комнатах».
Среди посетителей островного музея был и принц Генрих Прусский.
В 1905 году во время японской оккупации в здании музея произошёл пожар. По одной из версий, это был поджог.
После Русско-японской войны было принято решение о восстановлении учреждения. Экспозицию разместили в бывшем здании метеостанции. В 1912 году заведовать музеем был назначен Иван Алоизович Карпович. Можно сказать, что это была его общественная нагрузка, так как на Сахалин он приехал по приказу чиновника особых поручений Главного переселенческого управления.
Во время оккупации Северного Сахалина японскими войсками в 1920–1925 годах музей в Александровске прекратил своё существование. Считается, что его экспозиция частично была разграблена оккупантами.
Музейное дело возродилось на Сахалине уже в советский период. Решение о необходимости восстановления учреждения было принято в первый же год после возвращения Северного Сахалина в состав СССР.
Редактор «Советского Сахалина» Павел Ахаров в своей статье предложил собрать то, что ещё сохранилось. Какие-то экспонаты оказались в бывшем реальном училище, другие — в частных руках. Теплилась надежда на помощь в пополнении коллекций как от граждан, так и от организаций. Например, помогли участники геологической экспедиции, предоставившие образцы, найденные во время изысканий. Так появился в Александровске областной краеведческий музей имени 15-летия Октябрьской революции.
В 1930 году власти приняли решение методом народной стройки возвести отдельное здание под музейную экспозицию. Через два года учреждение обрело свой дом. Сотрудники музея выезжали в экспедиции в другие районы Северного Сахалина для сбора экспонатов. До 1937 года для посетителей учреждения вход был бесплатным.
В конце 30-х годов прошлого века музейные работники предлагали сохранить чеховское наследие — дом на улице Чехова, где, как считалось, жил писатель во время визита на каторжный остров. Усилиями музейщиков на этом доме была установлена мемориальная доска в 1944 году.
В годы Великой Отечественной войны сотрудники учреждения кроме основной работы занимались сбором дикоросов, и даже выпустили инструкцию, как правильно собирать и сушить растения. Известно, что при их непосредственном участии было заготовлено 1 662,9 килограмма лекарственного сырья (в сухом виде), в том числе больше 100 килограммов мха сфагнума.
Александровский областной музей собрал неплохую коллекцию трофейного японского оружия, захваченного в 1945 году. Кроме того, отдельная экспозиция была посвящена вкладу сахалинцев в разгром немецко-фашистских захватчиков.
В 1947 году власти приняли решение организовать в Южно-Сахалинске областной краеведческий музей. Учреждение в Александровске получило статус городского.
А уже в 1955 году Сахалинский облисполком решил, что в первой столице нецелесообразно содержать краеведческий музей. Все экспонаты из Александровска перевезли в областной центр. Директор городского музея Марфа Иосифовна Ерженина переехала в Южно-Сахалинск и устроилась в областной музей экскурсоводом.
Александровск-Сахалинский на несколько лет остался без такого учреждения. Но желание создать музей не оставляло энтузиастов-краеведов. Его в своём учебном учреждении организовал преподаватель школы № 8 Юрий Горин. В 1963 году Александровский горисполком принял решение № 261 «Об открытии музея в городе Александровске в доме