Работал на руководящих должностях в Минэнерго России. Был начальником отдела государственной политики в ТЭК департамента государственной энергетической политики.
2016-2020 — в ФГБУ «Российское энергетическое агентство» Минэнерго России прошел путь от руководителя департамента региональной политики до заместителя генерального директора. В этой должности занимался вопросами цифровой трансформации отраслей топливно-энергетического комплекса, управлением имущественным комплексом агентства и организацией работы филиальной сети в регионах (65 филиалов, охват 85 субъектов Российской Федерации).
В 2019 году Михаил Гузенко стал финалистом всероссийского конкурса управленцев «Лидеры России».
Покинул пост министра энергетики в 2022 году.