Период рождения и становления музея пришёлся на тяжёлые девяностые годы прошлого столетия, когда порой казалось, что недавно созданное и такое необходимое городу учреждение закончит свой путь, едва начав. Однако всё преодолели, и вот уже на протяжении трёх десятилетий музей собирает и бережно хранит свидетельства истории и культуры разных времён и народов, когда-то обитавших и ныне проживающих в Сахалинской области.
«На территории Поронайского района находится одно из крупнейших на Дальнем Востоке скоплений памятников древней истории и культуры. Это бесценное достояние, доставшееся нам в наследство из глубин веков. Сохранить бы его», — цитируют по сей день сотрудники учреждения слова создателя и первого директора Поронайского музея Владимира Дмитриевича Федорчука.
На Сахалин он приехал по комсомольской путёвке в 1968 го-ду, учительствовал в школе села Леонидово, стал её директором, ходил со школьниками в археологические экспедиции на берега озера Невского. В общей сложности, они открыли более ста новых памятников древности, собрали большое количество артефактов, ставших впоследствии основой для создания Поронайского историко-этнографического музея.
В 1993 году удалось добиться размещения музея в сохранившемся здании Дома культуры «Цементник». Построенное в 1950-х годах оно требовало ремонта. Целый год шли работы, одновременно монтировали экспозиции периода древней истории, готовили к показу накопленный богатейший материал. На втором этаже здания разместили отдел истории от средневековья до современности.
В 1994 году музей распахнул двери для посетителей. Первая выставка, с которой познакомили горожан и гостей, называлась «Декоративно-прикладное искусство народов Нижнего Амура и Сахалина».
Началась повседневная работа — выставки, экскурсии, лекции. В августе того же года музей получил статус государственного учреждения как филиал Сахалинского областного краеведческого музея (СОХМ). А в 2002 году стал муниципальным. Несмотря на тяжёлые времена, музей жил, работал, занимался научными исследованиями, пополнял фонды, основным источником которых являлись экспедиционная работа сотрудников и население.
В 1997 году сменилось руководство, директором стала Светлана Санги. Она достойно приняла бразды правления, объединила вокруг себя талантливых и работоспособных людей, вывела музей на более высокий уровень. Именно под её началом он превратился в один из важнейших очагов культурной жизни района, стал центром сохранения и изучения культуры коренных малочисленных народов Севера, проживающих в области.
Среди сахалинских муниципальных музеев Поронайский по количеству фондов — второй после Тымовского. Сегодня в «закромах» более 73 тысяч экспонатов. Главный хранитель Виктория Дзёбина 17 лет руководит отделом. В последние несколько лет ведётся активная работа по занесению основного фонда Поронайского краеведческого музея в Государственный каталог музейного фонда Российской Федерации. 29,2 тысячи экспонатов уже внесены в Государственный каталог.
Источники фондовых поступлений традиционны: это передача от населения, предприятий и организаций документов, вещественных материалов, представляющих историческую ценность. Много лет в зале истории экспонируется коллекция японского фарфора и фаянса первой половины XX века, переданная Сергеем Шапиловым. Она является одной из наиболее крупных в области.
Каждого посетителя музея встречают у входа японские собаки (правильнее, корейские) кома-ину, экспонаты эпохи Карафуто, охранявшие один из буддийских храмов Сисука, — их передал наш земляк Виктор Андреевич Чугунов.
Старейшие жительницы района, представительницы коренных малочисленных народов Сахалинской области Нина Бельды и Огава Хацуко подарили музею личные вещи, представляющие историческую и культурную ценность. Особый интерес представляют этнографические коллекции КМНС Дальнего Востока: уйльта, нивхов, нанайцев. В зале этнографии выставлены рукутамский и невский жезлы — особая гордость Поронайского музея, вещи мистические, отражающие мировоззрение уйльта и нивхов, принадлежавшие шаманам. Продолжает пополняться собрание айнской культуры. Особый интерес у посетителей вызывает арсенал холодного оружия этого очень воинственного в прошлом народа — мечи с гардами, подаренные местным жителем Игорем Майорских, ножи…
В 2015 году Поронайский краеведческий музей возглавила молодой энергичный руководитель Елена Кимура. Своей задачей она видит не только сохранение достижений на прежнем уровне, но и новые успехи. Заместитель директора Аруна Тельбекова занимается проектной деятельностью. Благодаря её грантовому проекту впервые на открытой территории музея в 2017 году состоялся красочный и динамичный, насыщенный этнической экзотикой, фестиваль традиций и культур коренных народов.
Известный сахалинский историк Николай Вишневский в краеведческом музее — свой человек. Он автор трилогии об истории Поронайского района, которая называется «На берегах большой реки». Первые две части — «Тарайка» и «Северные ворота Карафуто» — уже вышли в свет. Работа с музейным фондом помогала в написании книг.
— В Поронайске собраны уникальные экспонаты мирового уровня. Например, рукутамский и невский шаманские жезлы из этнографической коллекции. Есть интересные фотоархивы советских лет, документы предприятий, которые когда-то работали на территории района, но уже давно закрылись — цементного завода, ГРЭС, зверосовхоза, — рассказал Николай Вишневский.
По его словам, в музее трудится слаженный, трудолюбивый коллектив. Здесь проводится большая работа с детьми, читают лекции, устраивают интересные экскурсии и мероприятия.
— Специально, чтобы побывать в музее, в Поронайск приезжают учёные с материка, из-за рубежа, археологи, путешественники. Это дорогого стоит, — считает историк.